W drugiej połowie XVII w., po najazdach szwedzkich, zanotowano w kronikach 11 cudów. Jednym z nich miało być ocalenie od morowego powietrza mieszkańców Nieszawy, którzy w dziękczynieniu, przybyli w pielgrzymce, fundując srebrną tablicę pamiątkową. Inwentarz z roku 1681 wymienia 19 różnych srebrnych tabliczek, oprócz innych wotów: krzyżyków, biżuterii, korali. Na koniec tego stulecia przypada również ufundowanie głównego ołtarza, z przeznaczeniem dla oborskiej Piety. Specjalna nisza w barokowej nastawie została ozdobiona srebrną, ażurową blachą o bogatej roślinnej ornamentyce.
W połowie XVIII wieku przeprowadzono wstępne przygotowania do koronacji: odrestaurowano i rozbudowano główny ołtarz, dodając srebrne antepedium z wyobrażeniem Piety, sprawiono srebrne sukienki, wyposażono kościół w nowe barokowe ołtarze, stalle, ambonę, organy, ławy i konfesjonały. Z tego też okresu pozostało wiele paramentów liturgicznych, przeznaczonych dla klasztoru jako wota dziękczynne, a także cztery srebrne lichtarze o trójbocznej postawie, z trybowanym na jednym polu wizerunkiem Matki Oborskiej.