Turcy jednak skierowali się na Wiedeń), a w ciągu następnego półwiecza zbudowano tu najpierw kościół drewniany, a potem murowany.

W latach 1862–1871 wybudowano kościół w obecnym kształcie według projektu Alexisa Langera w stylu akademickiego neogotyku. W czasie budowy nastąpiło zawalenie się wieży północnej – ukończono ją jako niższą. W wyniku katastrofy odsunięto Langera od prac budowlanych, a dokończenie świątyni powierzono Karlowi Lüdeckemu.

Kościół był pierwszą dużą świątynią katolicką zbudowaną we Wrocławiu od czasów wcielenia miasta do Prus i stanowił symbol oporu katolików przeciw kulturkampfowi.

W latach 1922–1933 do tego kościoła przychodziła modlić się mieszkająca przy pobliskiej ul. Nowowiejskiej Edyta Stein, później kanonizowana. Jej kaplica znajduje się dziś po lewej stronie kościoła. W czasie oblężenia Wrocławia pod koniec II wojny światowej kościół uległ tak znacznym zniszczeniom, że pierwotnie został przeznaczony do rozbiórki. W 1947 przekazany księżom salezjanom, którzy w ciągu następnych lat odbudowali go, założyli w sąsiedztwie swoje zgromadzenie zakonne, ustanowili w nim swą kaplicę zakonną oraz prowadzą w pobliżu Prywatne Gimnazjum Salezjańskie im. św. Edyty Stein.