W okresie kierowania przez Krzysztofa Kornackiego Muzeum Zamoyskich w Kozłówce odzyskało część rozproszonych zbiorów związanych z historią rezydencji, co umożliwiło odtworzenie wystroju pałacowych wnętrz z przełomu XIX i XX wieku. Kolekcja była systematycznie poszerzana o nowe eksponaty, a muzeum zaczęło pełnić również funkcję ośrodka badań nad kulturą ziemiańską w Polsce. W ramach działalności naukowej zorganizowano cykle konferencji, m.in. „Ziemiaństwo na Lubelszczyźnie” (5 edycji), „Muzea rezydencje w Polsce” (2 edycje) oraz „Intelektualia myśliwskie” (7 edycji), których rezultaty publikowano w formie prac o wartości naukowej i popularyzatorskiej.
W 2009 roku, w wyniku ugody z rodem Zamoyskich, zakończono wieloletni spór o własność zespołu pałacowo-parkowego. Na mocy porozumienia spadkobiercy zrzekli się roszczeń do nieruchomości i ruchomości w zamian za rekompensatę finansową oraz prawo pobytu w części kompleksu. Ponadto, za dyrekcji Krzysztofa Kornackiego muzeum otrzymało ponad dwadzieścia nagród i wyróżnień, w tym Medal Europa Nostra.