Niektóre grzyby powodując próchnienie konstrukcji drewnianych wyrządzają duże szkody w gospodarce człowieka. Niektóre w mieszkaniach i innych miejscach wytwarzają tzw. pleśń, a produkowane przez nią duże ilości zarodników są szkodliwe dla zdrowia.
Grupy grzybów saprotroficznych Grzyby rozkładające drewno. Stanowią bardzo liczną w gatunki grupę grzybów. Wyróżnia się wśród nich dwie grupy: wytwarzające enzymy rozkładające celulozę, hemicelulozę i ligninę. Powodują one białą zgniliznę drewna. Celuloza i hemiceluloza rozkładana jest najpierw do cukrów prostych, a na koniec do dwutlenku węgla i wody. Lignina rozkładana jest do prostych związków aromatycznych. wytwarzające enzymy rozkładające tylko celulozę. Powodują one brunatną zgniliznę drewna. Drzewa iglaste zawierają więcej ligniny, a przy tym jest ona dla grzybów trudniejsza do rozłożenia. Z tego powodu wśród drzew iglastych częściej występuje zgnilizna brunatna. Grzyby koprofilne rozkładające odchody zwierząt. Należą do nich np. przedstawiciele rodziny kruchaweczkowatych Grzyby rozkładające keratyny – związki organiczne budujący pióra, włosy, rogi, pazury i kopyta zwierząt. Przedstawicielem tych grzybów jest np.