W grudniu 1757, w czasie oblężenia Wrocławia szpital spłonął, a kościół został uszkodzony w wyniku ostrzału artyleryjskiego. thumb|left|200px|DS „Wagant” (były przykościelny szpital i przytułek), budynek z 1893 r. W roku 1806, tak jak blisko trzysta lat wcześniej w obliczu zagrożenia tureckiego i z analogicznym uzasadnieniem władze pruskie, oczekując nadciągających wojsk napoleońskich, spalili kościół i plebanię. Ponowną odbudowę kościoła rozpoczęto już w 1807, stawiając najpierw lekką konstrukcję drewnianą, a od roku 1821 – zachowaną do dziś konstrukcję w stylu historyzmu według projektu Carla Ferdinanda Langhansa realizowanego przez mistrza murarskiego Valentina Dobe. W ciągu XIX wieku kilkakrotnie przebudowywano również obiekty przykościelnego szpitala i przytułku dla starców (według ówczesnych kryteriów oznaczało to osoby powyżej 50. roku życia); później mieścił się tu męski akademik Uniwersytetu Wrocławskiego „Wagant”.
Z zawieruchy II wojny światowej kościół Jedenastu Tysięcy Dziewic wyszedł ze stosunkowo niewielkimi zniszczeniami (pokrycie dachowe, okna).