W nisze te wmurowano jako spolia gotyckie płaskorzeźby z lat 1480–1490 przedstawiające scenę Ukrzyżowania i kartusze herbowe czeskiego lwa i orła – herb Śląska, dzieło rzeźbiarza Bricciusa Gauszke, przeniesione tutaj z Bramy Mikołajskiej rozebranej w 1817. W kościele obecnie znajdują się 47-głosowe organy o trakturze elektrycznej, wyposażone w modernistyczny prospekt.
thumb|Ołtarz główny Podczas powojennej przebudowy w latach 1946–1948 wskutek inicjatywy społeczności pochodzenia wileńskiego, zrzeszonej wokół świątyni karmelickiej w krużganku nad ołtarzem głównym i jego kolumnach zbudowano m.in. wierną replikę Kaplicy Ostrobramskiej wraz z obrazem w metalowej sukience. Do końca lat '80 kościół cieszył się w związku z tym szczególnym poważaniem wśród środowisk kresowych.
Ta innowacja architektoniczna nie była w sposób istotny zmieniana podczas wszystkich późniejszych remontów.
Sanktuarium Matki Bożej Miłosierdzia (Ostrobramskiej) Kościół parafialny ze względu na cześć, jaką cieszy się wizerunek Matki Bożej, jest Sanktuarium Matki Bożej Miłosierdzia, ustanowionym dekretem wydanym przez ówczesnego ordynariusza archidiecezji wrocławskiej kard.