W budynkach klasztornych funkcjonowała również biblioteka, nazywana od swoich założycieli Bernardyną. Zbiory, pozostawione przez zakonników, uległy częściowemu rozproszeniu po 1522. Dopiero w 1621 ówczesny nadzorca kościoła i szpitala David Albrecht odnowił bibliotekę i przekazał do niej wiele cennych dzieł w własnej kolekcji. W kolejnych stuleciach księgozbiór znacznie się powiększył, dzięki licznym darowiznom wrocławskich mieszczan. Na początku XVIII w. zbiory liczyły 6348 pozycji, czyniąc Bernardynę jedną z najważniejszych i największych bibliotek w mieście. Zgodnie z ówczesną modą biblioteka pełniła również funkcję gabinetu osobliwości. Oprócz książek i rękopisów w jej pomieszczeniach gromadzono dzieła sztuki, kolekcje monet i medali, przyrządy astronomiczne oraz zbiory przyrodnicze m.in. rzadkie minerały i preparaty zwierzęce. W latach 1863–1865 zbiory biblioteki bernardyńskiej wraz z innymi placówkami połączono w jedną Bibliotekę MiejskąAgnieszka Gola, Magda Ławicka: Od klasztoru do muzeum. Dzieje zespołu zabudowań bernardyńskich we Wrocławiu. Wrocław: Muzeum Architektury we Wrocławiu, 2009 s. 157-178, 2009.