w 1292 zmarł też biskup Tomasz.
Projektantem budowli był najprawdopodobniej wymieniany jako dworski budowniczy Henryka, mistrz Wiland. thumb|left|Wnętrze górnego Kościoła św. Krzyża, w oddali kopia Całunu Turyńskiego thumb|Organy thumb|Pomnik św. Jana Nepomucena Najpierw powstało prezbiterium (1288–1295), natomiast korpus nawy i transept, ufundowane przez biskupa Nankera, wzniesiono w latach 1320–1350 według nieco innych założeń. Wg ostatnich badań wznoszenie ścian kościoła zakończono ok. roku 1320, a sklepienie założono po przerwie trwającej zapewne kilka latJakub Adamski, Gotycka architektura sakralna na Śląsku w latach 1200–1420. Główne kierunki rozwoju, Kraków 2017, s. 342-345..
W będącym w budowie prezbiterium kościoła pochowano, zgodnie z jego wolą, fundatora kolegiaty, zaś około 1300–1327 wykonano jego płytę nagrobną z pełnopostaciową rzeźbą, nieco później uzupełnioną o ściany boczne (obecnie w Muzeum Narodowym we Wrocławiu). Proporzec i tarcza książęca znajdowały się w kościele jeszcze w końcu XIX w., zaś jego szczątki, ekshumowane na polecenie hitlerowców przez antropologów, zaginęły w czasie II wojny światowej.