Spędził dwa lata (1959–1961) jako stypendysta Fundacji Rockefellera na Wydziale Biochemii Uniwersytetu Waszyngtońskiego (w Seattle, w USA), pod kierunkiem profesora Hansa Neuratha. Habilitacja Józefa Lisowskiego w 1964 r. opierała się na nowatorskich badaniach nad enzymami przysadki mózgowej. W latach 1965–1966 i 1980–1982 był profesorem wizytującym Instytutu Biochemii Uniwersytetu Genewskiego (Szwajcaria). Po 1966 r. został kierownikiem Zakładu Immunochemii w Instytucie Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. Ludwika Hirszfelda PAN we Wrocławiu. Funkcję tę pełnił do czasu przejścia na emeryturę w 1999 r.
Główny dorobek Józefa Lisowskiego to badania nad immunochemią. Zdobył miano znanego specjalisty z zakresu immunoglobulin i ich badań porównawczych w krwi i w siarze. Jego praca bardzo specyficznej podfrakcji polipeptydowej bogatej w prolinę w owczej siarze (PRP). Wkrótce okazało się, że preparat ten wykazuje właściwości immunoregulacyjne, został zastosowany u pacjentów z chorobą Alzheimera.