Nowy obiekt nie cieszył się popularnością i 10 lat później teren przeznaczono na zieleń.
Po 1945 Pod koniec oblężenia Wrocławia w 1945 uległ znacznym zniszczeniom, szacowanym na 75%. Odbudowywany był w latach 1947–1949 i 1957–1958 według projektów Edmunda Małachowicza (tego samego, który realizował odbudowę pobliskiego Muzeum Architektury i renowację katedry) i Rachwalskiego. W czasie odbudowy wykorzystano elementy architektoniczne z nieczynnych dolnośląskich kościołów ewangelickich: manierystyczny tryptyk z Masłowa, a także neogotyckie ławki, ambonę, kamienną chrzcielnicę i organy firmy Schlag & Söhne z 1909 ze Słupca koło Nowej Rudy.
W 1958 roku kościół przekazano ewangelickiej parafii św. Marii Magdaleny (do której kościół należał przed wojną) i zgromadzonym wokół niej pozostałym we Wrocławiu Niemcom. Następnie utworzono duszpasterstwo „zborów niepolskich”, a dopiero w 1993 została zatwierdzona przez konsystorz parafia ewangelicka św. Krzysztofa, obejmująca obecnie – prócz wrocławskiego – zbory z Jeleniej Góry, Legnicy, Lubania i Wałbrzycha.
W roku 1966 wyremontowano elewację, w latach 1969–1970 zrekonstruowano (z wyraźnymi zmianami) wg proj.