Rodzina Żoną Ludwika Bierkowskiego była Tekla z Łakomickich Bierkowska (ur. 1806). Małżeństwo miało czwórkę dzieci: dr med. Włodzimierz Fryderyk Bierkowski, inż. Kazimierz Bierkowski, Maria Łakomicka oraz Józef Bierkowski.
Upamiętnienie W Krakowie jego imieniem nazwano ulicę w dzielnicy XII Bieżanów-Prokocim; w Krakowie przy ul. Kopernika 7, przed budynkami Wydziału Lekarskiego Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego, w 1987 roku odsłonięto pomnik Ludwika Bierkowskiego (popiersie z brązu), którego autorem jest Józef Potępa; w 1987 roku na kamienicy przy ul. Grodzkiej 59 umieszczono tablicę pamiątkową upamiętniającą lekarza. Autorem tablicy jest Stanisław Hryń.
Przypisy Encyklopedia Krakowa. T. 2. Kraków: Wydawnictwo Biblioteka Kraków i Muzeum Krakowa, 2023, s. 574, . Encyklopedia Krakowa. T. 2. Kraków: Wydawnictwo Biblioteka Kraków i Muzeum Krakowa, 2023, s. 253, .
Bibliografia Józef Bogusz, Ludwik Bierkowski, w: Sylwetki chirurgów polskich (pod redakcją Józefa Bogusza i Witolda Rudowskiego), Ossolineum, Wrocław 1982
Literatura dodatkowa Reprint: Zakład Narodowy im.