Leslie Morshead, który był wtedy na Morotai, przygotowując się do kampanii na Borneo, również poparł usunięcie Cobby’ego. Morshead i inni wyżsi oficerowie obawiali się, że spór może zakłócić przygotowania do australijskiego lądowania na Borneo i skonsultowali się w tej sprawie z Kenneyem. Jones postanowił zwolnić nie tylko Cobby’ego, ale także jego oficerów sztabowych, Group Captains Gibsona i Simmsa. Scherger objął stanowisko dowódcy 1st TAF 10 maja.
Następstwa thumb|left|John Vincent Barry prowadził rządowe dochodzenie w sprawie „buntu” na Morotai Ostatecznie nie zebrał się sąd wojenny za jakiekolwiek działania związane bezpośrednio „z buntem” na Morotai, a większość zaangażowanych w niego pilotów kontynuowała loty bojowe do końca wojny. Dochodzenie wewnętrzne w RAAF wykazało, że usunięcie przez Jonesa Cobby’ego, Gibsona i Simmsa było uzasadnione. Na prośbę Jonesa rząd Australii wszczął również własne dochodzenie w sprawie wydarzeń na Morotai, na czele którego stanął adwokat John Vincent Barry.