W 2017 zasiadł w zarządzie krajowym tej partii, a w lutym 2018 w federacyjnym klubie poselskim PSL-UED (po rozwiązaniu koła UED), przekształconym w lipcu 2019 w klub PSL-Koalicja Polska. Wszedł w skład Komitetu Wspierania Muzeum Historii Żydów Polskich Polin w Warszawie.
W styczniu 2019 prokurator Prokuratury Krajowej wystąpił o uchylenie politykowi immunitetu w związku z zamiarem przedstawienia mu zarzutów dokonania przestępstw korupcyjnych z lat 2013–2015. Stefan Niesiołowski zrzekł się immunitetu i zaprzeczył popełnieniu zarzuconych mu w kwietniu tego samego roku czynów (mających polegać na przyjmowaniu i żądaniu korzyści osobistych oraz majątkowych od znanych mu przedsiębiorców). Nie wystartował w wyborach parlamentarnych w 2019 i ogłosił zakończenie swojej aktywności politycznej. W czerwcu 2022 Sąd Rejonowy dla Łodzi-Widzewa w Łodzi nieprawomocnie uniewinnił polityka od wszystkich zarzucanych mu czynów. We wrześniu 2023 Sąd Okręgowy w Łodzi nie uwzględnił apelacji prokuratora i utrzymał w mocy wyrok uniewinniający, co prawomocnie zakończyło postępowanie w sprawie.