Niedługo potem rozpoczął pracę szkoleniową, także w Sparcie. Udany sezon 1997–1998, uwieńczony mistrzostwem kraju oraz nagrodą dla najlepszego szkoleniowca w Czechach, otworzył mu drogę do stanowiska selekcjonera reprezentacji Czech. Jego podopieczni wygrali grupę eliminacyjną i jako pierwsi zakwalifikowali się do Euro 2000, jednak na boiskach Belgii i Holandii nie dali rady mistrzom świata Francuzom i gospodarzom Holendrom. Po porażce w kwalifikacjach do Mundialu 2002, Chovanec otrzymał wymówienie. Pracę szkoleniową kontynuował – mało udanie – na Słowacji i w Rosji. Od stycznia 2006 roku jest prezesem Sparty Praga.
Sukcesy piłkarskie mistrzostwo Czechosłowacji 1984, 1985, 1987, 1988, 1989 i 1993, mistrzostwo Czech 1994 i 1995 oraz Puchar Czechosłowacji 1984, 1988, 1989 i 1992 ze Spartą Praga mistrzostwo Holandii 1989, 1991 i 1992 oraz Puchar Holandii 1989 i 1990 z PSV Eindhoven
W reprezentacji Czechosłowacji od 1984 do 1992 rozegrał 52 mecze i strzelił 4 gole – uczestnik Mundialu 90.
Kariera szkoleniowa Przygodę szkoleniową rozpoczął właściwie w 1997 roku i już pod koniec sezonu mógł się pochwalić dużym osiągnięciem.