Rozdzielenie shintō i buddyzmu Część japońskich buddystów ze Szkoły Czystej Krainy odrzucała jednak kult kami. Łączenie kultu shintō z doktryną buddyjską już w XIV-XVI wieku zaczęło budzić sprzeciw niewielkiej grupy japońskich intelektualistów. Myśliciele ci rozwinęli doktryny sintoistyczne, odmienne od buddyzmu (shinbutsu-kakuri, separacji buddyzmu i shintō), oparte na taoizmie, konfucjanizmie, a nawet chrześcijaństwie, lecz nie miało to większego wpływu na praktyki religijne tamtych czasów. Odrodzenie ich teorii nastąpiło na przełomie XVIII i XIX wieku, w okresie powstania japońskiego nacjonalizmu i rosnącej niechęci wobec zapożyczeń z ChinJohn Breen, Mark Teeuwen, Shinto in History: Ways of the Kami, Routledge, 2013, s.230-252, ..
Po restauracji Meiji i ustanowieniu pierwszego rządu ogólnokrajowego, w 1868 uchwalono ustawę o rozdzieleniu shintō i buddyzmu (神仏判然令, Shinbutsu Hanzenrei). Shintō zostało ogłoszone religią państwową, wprowadzono hierarchiczne kapłaństwo shintō i kult cesarza jako Najwyższego Kapłana. Rezultatem tego było rozdzielenie sanktuariów: przenoszono w inne miejsce lub niszczono świątynie i klasztory buddyjskie, znajdujące się na terenie chramów shintō. Powstał radykalny ruch haibutsu-kishaku, którego celem było zniszczenie buddyzmu. Zburzono wówczas ok. 40 tysięcy buddyjskich świątyń.