21 października 1973 roku zastąpił Rudolfa Fassnachta na stanowisku pierwszego trenera MSV Duisburg, z którym w sezonie 1974/1975 dotarł do finału Pucharu Niemiec, w którym przegrali w finale 1:0 z Eintrachtem Frankfurt rozegranym na Niedersachsenstadion w Hanowerze. 16 marca 1976 roku po opóźnionych negocjacjach kontraktowych z zarządem klubu, Kremer rozwiązał kontrakt z klubem.
Następnie Kremer 5 kwietnia 1976 roku zastąpił Radoslava Momirskiego na stanowisku trenera zagrożonego spadkiem z 2. Bundesligi Bayeru LeverkusenHoch soll er leben – Willibert Kremer wird 80 [data dostępu: 2019-10-15] , z którym w sezonie 1975/1976 ostatecznie zajął 15. miejsce w tabeli. W sezonie 1978/1979 na 3 kolejki przed zakończeniem rozgrywek 2. Bundesligi po remisie 3:3 w meczu u siebie z Bayerem Uerdingen (mimo iż Aptekarze na 20 minut przed końcem meczu przegrywał 0:3) Aptekarze po 17 latach wrócili do Bundesligi. 22 listopada 1981 roku Kremer odszedł z klubu.
W 1982 roku przez kilka miesięcy prowadził TSV 1860 Monachium, a w okresie od października 1982 roku do kwietnia 1985 roku trenował Fortunę Düsseldorf, z którym zdobył Puchar Intertoto 1983/1984.