W latach 70. doszło do rozłamów w rządzącej partii, w wyniku których powstały ruchy opozycyjne. Burgiba stawał się coraz bardziej autorytarny, a jego obietnice liberalizacji systemowej nie doczekały się realizacji. W latach 80. doszło do ożywienia się islamistów. Zamachy bombowe przeprowadzane przez religijnych fundamentalistów poskutkowały atakami sił bezpieczeństwa na to środowisko (co nierzadko wiązało się z nadużyciami). 7 listopada 1987 został odsunięty od władzy przez generała Zajna al-Abidina ibn AlegoOxford. Ilustrowana encyklopedia uniwersalna. Historia świata od 1800 roku do współczesności, red. H. Judge, Warszawa 1998, s. 57.. Oficjalnym powodem zmian na stanowisku prezydenta był zły stan zdrowia BurgibyBourguiba Described in Tunis New York Times, 9 listopada 1987. Ostatnie lata życia spędził w areszcie domowym. Zmarł w 2000 roku. Został pochowany w rodzinnym mauzoleum.
Rodzina Pierwszą żoną prezydenta była Francuzka Mathilde Lorrain (1927), z którą rozwiódł się w 1961 roku. Kolejną wybranką Burgiby była Tunezyjka Wassila ben Ammara, z którą rozwiódł się w 1986 roku.
Miał jednego syna Habiba Burgibę juniora (ur. 9 kwietnia 1927, zm.