Wśród nieleśnych zespołów roślinnych występują: młaki turzycowo-mietlicowe i turzycowo-kozłkowe, murawy kserotermiczne oraz zespoły torfowiskowe.
Flora naczyniowa Wiśnicko-Lipnickiego Parku Krajobrazowego liczy 671 gatunków, natomiast flora mszaków – 122 gatunkiDokumentacja inwentaryzacyjna Wiśnicko-Lipnickiego Parku Krajobrazowego, TOM II Inwentaryzacja przyrodnicza (2012).. Z ciekawszych gatunków występują: ciemiężyca zielona, dziewięćsił bezłodygowy, goryczka krzyżowa, goryczuszka orzęsiona, lilia złotogłów, podkolan biały, wawrzynek wilczełyko, kukułka szerokolistna i plamista, modrzewnica zwyczajna, gnidosz błotny. Na zacienionych miejscach w lesie znaleźć można paproć pióropusznik strusi, skrzyp olbrzymi, parzydło leśne, konwalię majową. Ogółem stwierdzono występowanie 51 chronionych gatunków roślin naczyniowych oraz 24 gatunki chronionych mszakówZespół Parków Krajobrazowych Województwa Małopolskiego.
Na górze Bukowiec utworzono leśny rezerwat przyrody Bukowiec, w którym wśród dobrze zachowanego drzewostanu znajdują się kwitnące okazy bluszczu pospolitego.
Na terenie Parku wykazano występowanie 187 różnych taksonów grzybów.