W procesie komponowania materiału na płytę jako pierwszy utwór powstał „Straighthate”. Jeszcze w sierpniu 1995 Sepultura wystąpiła w São Paulo na MTV Brazilian Video Music Awards, wykonując wtedy utwór „Kaiowas” przy udziale perkusisty Carlinhosa Browna (lider formacji Timbalada), z którym nawiązano współpracę przy pracy nad albumem Roots. Na czas nagrań Brown przybył do Kalifornii, przywożąc ze sobą wiele instrumentów perkusyjnych, które wykorzystano przy rejestracji materiału. Podczas nagrań gitarzyści zastosowali obniżenie stroju gitar. Richard Kaplan skonstruował dla gitarzystów specjalny pedał z efektem o nazwie BiG Muffer, a w należącym do niego studiu Indigo Ranch w Malibu realizowano nagrania. Materiał na płytę zarejestrowano w studiu analogowym, a w trakcie prac wykorzystano około 30 rodzajów instrumentów. Miksowanie odbyło się w Soundtrack Studios w Nowym Jork, a wykonywał je Andy Wallace. Mastering był dziełem George Marino w nowojorskim Sterling Sound.