Pod koniec lipca 1939 został przeniesiony na stanowisko szefa batalionu Obrony Narodowej „Jabłonowo”. Uczestnik kampanii wrześniowej, po zakończeniu której powrócił do Włocławka i przystąpił do działalności konspiracyjnej. Jednocześnie w latach 1940–1944 pracował jako buchalter w Ciechocinku.
Podczas służby we włocławskim pułku zaangażowany był w działalność Kujawskiego Klubu Sportowego, Polskiego Białego Krzyża, Rodziny Wojskowej oraz Ligi Obrony Powietrznej i PrzeciwgazowejWBH, sygn. I.482.1-88 VM, str. 3..
Działalność konspiracyjna Już na przełomie października i listopada 1939 został kierownikiem włocławskiej grupy wchodzącej w skład pionu wojskowego organizacji konspiracyjnej „Grunwald”. Przyjął wówczas pseudonim „Stanisław”. Jego zastępcą został st. sierż. zaw. z 14 pułku piechoty Kazimierz Domeradzki (ps. „Sztywny” i „Żbik”), a w skład grupy weszło wielu podoficerów zawodowych tegoż pułku. W grudniu 1939 chor. Jan Zarębski utworzył przy komendzie „Grunwaldu” komórkę odpowiedzialną za szkolenie harcerzy w zakresie techniki wojskowej. W połowie 1940 doszło do rozłamu w „Grunwaldzie”, w wyniku którego Zarębski, Domeradzki i ich zwolennicy przeszli do Bojowej Organizacji Ludowej (BOL), której silne włocławskie struktury zostały wkrótce przez ich grupę zdominowane.