Najstarsze zachowane dokumenty poruszające kwestię organów pochodzą z 1795, kiedy to powstał opis wykonany przez jedną z działających w tym czasie komisji inwentarzowychObszerne fragmenty opisu na podstawie: E. Kubala, Organy i nuty w kościele św. Anny w Krakowie według inwentarza z początku XIX wieku, Archiwum Kolegiaty św. Anny w Krakowie: Nade drzwiami wielkiemi jest umieszczony chor dla kapeli i organ na tragarzach w murze magistratualnym utwierdzonych malowany żółtym pokostem i rzeźbą snycerską przyozdobiony. Sufit pod chórem jest mocny na którym w środku są aniołowie z organami wymalowani – Wschód na chór, jako się wyżey rzekło, jest z wieży od zachodu będący. […] Co się tyczy organ tych struktura wspaniała, ma pośrodku niejako bramę służącą za miejsce organiście do grania. Po obydwóch stronach tegoż są drzwiczki na zawiasach z zameczkami prowadzące do organ wewnątrz które składają się z 3-ch części to jest manuału, pozytywy i pedału. Manuał i pozytyw łączą się z klawiaturą Francuzką umieszczoną w pośrodku Organ mającą wszystkie tony oraz bęben zepsuty. W manuale klawisz pod g urwany. Głosów zaś 11 z kluczami żelaznymi od których idą walce drewniane do piszczałek cynowych oprócz fletu major, przy którym piszczałki drewniane w szczególności w manuale Pryncypał ma w sobie piszczałek metalowych sztuk 50.