Choć traktura i niektóre elementy konstrukcji określone zostały jako „dalekie od ideału”, to jednak ogólna ocena próby przywrócenia organom ich oryginalnego brzmienia wypadła zadowalająco. Główne zastrzeżenia budziło użycie nazw nie znanych w polskim budownictwie organowym doby późnego baroku; zakwestionowany został również pomysł poszerzenia instrumentu o głosy językowe, jako że nie istniały one w oryginalnych organach. mały|Prospekt organów, ujęcie boczne z chóru muzycznego Dyspozycja organów po pracach Roberta Polcyna: Manuał I: Kwintadena 16’, Pryncypał 8’, Flet major 8’, Gemshorn 8’, Oktawa 4’, Flet minor 4’, Kwinta 2 , Superoktawa 2’, Mixtura 4-5 rzędowa; Manuał II: Flet kryty 8’, Pryncypał 4’, Flet 4’, Schwiegel 2’, Superkwinta 1 , Sifflet 1’, Mixtura 2-3 rzędowa, Cymbał 3 rzędowy; Pedał: Pryncypał 16’, Subbas 16’, Oktawbas 8’, Kwintadena 8’, Flet 4’, Flet polny 2’, Mixtura basowa 4 rzędowa; W latach 70. i 80. przeprowadzane były drobne prace techniczne. Większym przedsięwzięciem były badania przeprowadzone w 1997 roku, kiedy to ze środków Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa dokonano zdjęcia z szafy organowej ośmiu warstw malowania, pod którymi ukazała się oryginalna, zielona farba.