Kościół murowany z XVI wieku Pod opieką benedyktynów Pierwszy kościół był z pewnością drewniany. Najprawdopodobniej uległ spaleniu więc w jego miejsce zakonnicy rozpoczęli budowę obecnej murowanej świątyni. Rok rozpoczęcia budowy obecnego kościoła akta wizytacji późniejszej datują na 1537 rok. Dzieło rozpoczął opat Łukasz zwany Muratorem, archidiakon w Dobrzyniu nad Wisłą. Budowę kościoła kontynuował i doprowadził do obecnego kształtu jego następca opat Jan Dziedzicki w 1546 roku. W 1547 roku kościół został ukończony i konsekrowany pod wezwaniem św. Wojciecha i św. MałgorzatyHistoria Parafii.Kościół par. pw. św. Wojciecha Biskupa i Męczennika Szczepankowo,..
Wizytacja z 1609 roku opisuje, że był to kościół murowany, z sześcioma kolumnami, przykryty stropem z desek. W prezbiterium strop był malowany, podłoga drewniana, a przy ołtarzu głównym ceglana. Ołtarze były cztery, dwa z nich konsekrowane. W łuku tęczowym znajdowała się grupa Ukrzyżowania – Krucifiks oraz Matka Boża i św. Jan. W kościele były organy. Kościół pokrywał dach ceramiczny. W murowanej wieży były trzy działające dzwony. Na cmentarzu przykościelnym znajdowało się drewniane ossarium. Teren był ogrodzony drewnianymi deskami o czterech wejściach.