Część w tym Merlin uciekła na Ziemię.
Każdy odcinek serialu zawiera niezależną historię wpisującą się w główną fabułę wojny z Widmami i poszukiwań prowadzonych przez nowych mieszkańców Atlantydy w celu odkrycia skutecznych metod walki z wrogiem. Każda seria zawiera dwuczęściowy odcinek, a także kilka odcinków, które, mimo iż nie są technicznie dwuczęściowe, kontynuują bezpośrednio fabułę poprzedniego odcinka. Każdy odcinek zaczyna się od przypomnienia wydarzeń z poprzednich odcinków mających wpływ na jego fabułę. Muzyka do czołówki została stworzona przez Joela Goldsmitha. Czołówka została drastycznie obcięta na początku serii drugiej, ale przywrócona po dwuczęściowym odcinku w środku serii. Ponownie obcięto czołówkę w serii piątej.
Serie 1-3 Edycja pierwszej serii rozpoczęła się w USA 16 lipca 2004 roku. Ekspedycja pod przewodnictwem dr Elizabeth Weir dociera do Atlantydy, gdzie od razu znajduje się w opałach. Poznają nowych przyjaciół, Atozjan, oraz nowego potężnego wroga - Widma. Okazuje się, że nie posiadają wystarczającego źródła energii, by połączyć się z Ziemią. Ekspedycja zostaje zmuszona do przetrwania w nowej galaktyce starając się odkrywać technologie Pradawnych, które pozwolą na pokonanie Widm. Major Sheppard staje na czele drużyny złożonej z dra Rodneya McKaya, por. Forda i przywódczyni Atozjan Teyli Emmagan.