Dowódcą ekspedycji zostaje pułkownik Samantha Carter. Pojawia się ona w odcinku Lifeline, gdzie pomaga mieszkańcom Atlantydy znaleźć nową planetę nadającą się do zasiedlenia oraz wylądować na niej, po czym zostaje wezwana do dowództwa w celu złożenia raportu. Z rozkazu IOA wraca do miasta jako dowódca ekspedycji. Seria skupia się na głównych antagonistach: Asuranach i Widmach; a także na ciąży Teyli Emmagan. Główny kod Asuran zostaje przeprogramowany przez McKaya skłaniając nanoboty do wypełnienia zleconej im przez Pradawnych misji pozbycia się Widm. W połowie serii są oni widocznie zniszczeni, a pozostałe odcinki koncentrują się na działaniach Michaela tak przeciwko ludziom, jak i pozostałym Widmom.
W serii 5 liderem ekspedycji zostaje Richard Woolsey. Teyla przetrzymywana w niewoli przez Michaela rodzi syna, któremu daje na imię Torren John, po czym ucieka razem ze swoją drużyną zanim udaje im się zneutralizować Michaela. Ten przy pomocy zdobytego skoczka napada na Atlandytę w celu porwania Torrena i zniszczenia miasta. Dzięki staraniom Shepparda, Teyli i McKaya udaje się w końcu zabić Michaela. Seria przedstawia także grupę zbuntowanych Asgardczyków, którzy eksperymentują na ludziach w celu wydłużenia swojego życia.