W klubie pełnił funkcję do 24 stycznia 2011 r.
Od 29 lipca 2011 roku był dyrektorem sportowym klubu Újpest FC.
19 czerwca 2013 ogłoszono, że na czas trwania rozgrywek o Złoty Puchar CONCACAF 2013 Beenhakker powróci do pracy z reprezentacją Trynidadu i Tobago, tym razem w roli dyrektora technicznego.
2 czerwca 2015 ogłosił zakończenie kariery trenerskiej i przejście na emeryturę.
Zmarł 10 kwietnia 2025 w Rotterdamie w wieku 82 lat. Został pochowany tamże 16 kwietnia 2025. Karawan w drodze na uroczystość minął stadion De Kuip, gdzie trener został pożegnany przez kibiców.
Osiągnięcia trenerskie Ajax Mistrzostwo Holandii (2): 1979/80, 1989/90
Real Madryt Mistrzostwo Hiszpanii (3): 1986/87, 1987/88, 1988/89 Puchar Króla (1): 1988/89 Superpuchar Hiszpanii (2): 1988, 1989
Feyenoord Mistrzostwo Holandii (1): 1998/99 Superpuchar Holandii (1): 1999
Trynidad i Tobago awans do Mundialu 2006 i start w tym turnieju (faza grupowa)
Polska awans do Euro 2008 i start w tym turnieju (faza grupowa)
Nagrody i wyróżnienia Złoty (Trynidad i Tobago, 2006). Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (2008).. tytuł Człowiek Roku tygodnika „Wprost” (2007)NapoLeo Polski, ludzie.wprost.pl.. Super Wiktor 2007 za całokształt osiągnięć.