18 maja 2004 r. Mądrzejowski ponownie stał się pracownikiem uczelni w Szczytnie, tym razem objął funkcję jej komendanta-rektora. Dzięki jego działaniom z dniem 1 grudnia 2004 r. przywrócono instytuty jako jednostki podstawowe uczelni. Podstawową jego zasługą były jednak skuteczne zabiegi o wprowadzenie do nowelizowanej wówczas ustawy o szkolnictwie wyższym zapisów wiążących Wyższą Szkołę Policji ze Szczytnem. Było to niezbędną gwarancją nie tylko dla stabilnego umiejscowienia WSPol w systemie szkolnictwa wyższego, ale i stworzenia perspektyw rozwoju.
19 marca 2005 r. zwrócił się o zwolnienie go z zajmowanego stanowiska i ze służby w Policji. Obydwie jego prośby zostały spełnione z d. 31 marca 2005 r. W nowej sytuacji zawodowej zajął się głównie pracą dydaktyczno-naukową w Wyższej Szkole Policji w Szczytnie oraz w Wyższej Szkole Informatyki, Zarządzania i Administracji w Warszawie. Od 2004 r. nieprzerwanie prowadzi też wykłady na Studiach Podyplomowych na Wydziale Prawa Uniwersytetu Warszawskiego.
W 1998 został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi..