Fragmentacja rzeki – fragmentacja siedliska w rzece (cieku). Polega na podziale rzeki na fragmenty przez antropogeniczne i naturalne bariery utrudniające przemieszczanie się gatunków. Barierami takimi są m.in. zapory i jazy. Fragmentacja rzek to jedno z najważniejszych zagrożeń dla różnorodności biologicznej w rzekach, prowadzi do wymierania ryb i innych organizmów wodnych. Oprócz bezpośredniego wpływu na możliwość migracji organizmów wodnych i ich zasięg występowania i liczebność, fragmentacja zmienia rozkład siedlisk i ich pojemność ekologiczną. Jest jednym ze wskaźników stanu środowiska rozważanym do stosowania przez Europejską Agencję Środowiska.
Mechanizm działania alt=Widok z drona na betonowy próg na Czarnym Dunajcu. Widoczna jest podpiętrzona przez próg woda oraz płycizny poniżej progu.|mały|Sztuczna bariera zaburzająca ciągłość podłużną rzeki - jeden z progów na Czarnym Dunajcu Ciągłość ekologiczną rzeki stanowią cztery wymiary:
Ciągłość podłużna, czyli ciągłość między dolnym i górnym biegiem rzeki, Ciągłość poprzeczna, czyli łączność z doliną rzeki, Ciągłość pionowa, czyli łączność z wodami podziemnymi i atmosferą, oraz Ciągłość w czasie, czyli ciągłość zależna od zmiennych w czasie przepływów.