Każda z części zawiera dwadzieścia jednoekranowych etapów. W każdym z nich celem gracza jest dotarcie do wyjścia, które zazwyczaj znajduje się za zamkniętą śluzą. Tę trzeba najpierw otworzyć przy pomocy przycisku. Pomyślne ukończenie etapu automatycznie przenosi gracza do kolejnego.
Bohater kierowany przez gracza może skakać i strzelać z pistoletu laserowego. Liczba dostępnych strzałów jest ograniczona, ale można ją uzupełniać, zbierając dodatkowe akumulatory. W obrębie etapu gracz musi poradzić sobie z różnymi przeszkodami (roboty, kosmici, bariery laserowe itp.). Występują też ruchome platformy i przełączniki. Kontakt fizyczny z wrogiem, trafienie pociskiem czy dotknięcie bariery energetycznej kończy się natychmiastową śmiercią bohatera. W takim przypadku dany etap trzeba przechodzić od początku. Liczba żyć bohatera nie jest w żaden sposób limitowana, co według Scotta Millera było pierwszym tego typu rozwiązaniem na platformie PC.
Gra zlicza punkty zdobywane przez gracza i w zależności od ich liczby wynik gracza może znaleźć się na tablicy 10. najlepszych wynikówGra Monuments of Mars – High scores.