Około 470 powrócił do Owernii. W tym czasie otrzymał sakrę biskupią w Clermont (wówczas Augustonemetum). Tytuł ten zawdzięczał jednak bardziej swoim wpływom politycznym niż wiedzy teologicznej. Sydoniusz Apolinary bardziej niż krzewieniem wiary zainteresowany był bowiem utrzymaniem tego obszaru w rękach Rzymu. Sformułował również teorię wskazującą na szlacheckość z urodzenia jako ważny czynnik wyboru na biskupaPraca zbiorowa, Historia powszechna Tom 7 Od upadku cesarstwa rzymskiego do ekspansji islamu. Karol Wielki, Mediaset Group SA, 2007, s. 187, . W 474 miasto zostało zdobyte przez Gotów, a Sydoniusz, który od 472 czynnie uczestniczył w obronie, został uwięziony w twierdzy Liwia. Około 476-477 król Gotów Euryk przywrócił go na tron biskupi, który zajmował aż do swojej śmierci.
Dzieła
Do najważniejszych dzieł Sydoniusza Apolinarego należy zbiór 24 wierszy Carmina, które pisał na cześć cesarzy rzymskich oraz innych ważnych postaci rzymskiej sceny politycznej. Utwory te przynoszą wiele ważnych informacji na temat wydarzeń politycznych tego okresu.