W 1607 roku chram przeniesiono poza teren zamku Edo do rejonu Hayabusa-chō, w pobliżu obecnego Teatru Narodowego (Kokuritsu Gekijō). W 1657 roku chram Hie i większość miasta Edo została zniszczona przez pożar, ale dwa lata później siogun Ietsuna Tokugawa kazał odbudować chram w obecnej lokalizacji w dekoracyjnym stylu „japońskiego baroku” gongen-zukuri. Haiden, honden i brama Rōmon (wieżowa) były tak wspaniałe, że zostały uznane za skarby narodowe.
Podczas II wojny światowej budynki sanktuarium spłonęły ponownie wskutek bombardowania Tokio w 1945 roku. Obecne zostały zbudowane w 1958 roku.
Festiwal Corocznie w połowie czerwca odbywa się festiwal Sannō Matsuri, jeden z trzech najsłynniejszych w Tokio. Pozostałe dwa to: Kanda Matsuri i Fukagawa Matsuri. Pełna wersja festiwalu odbywa się w latach parzystych, na przemian z pełną wersją Kanda Matsuri – w latach nieparzystych. Festiwal trwa ponad tydzień. Jego główną atrakcją (tylko w latach parzystych) jest kilkugodzinna parada, która przechodzi przez centrum Tokio.