W czasie drugiej wojny światowej budynek szkoły został zajęty na potrzeby wojska, a w trakcie walk uległ uszkodzeniom. Podczas niemieckiej okupacji nauczyciele „Kościuszki” organizowali tajne komplety. Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Łukowa w 1944 r. w szkole zorganizowano szpital. Zajęcia w starym gmachu powróciły w 1945 r.
W 1952 r. powstał budynek „Kamczatki”, już nieistniejący. W 1960 r. oddano do użytku budynek internatu wraz z salą gimnastyczną. W 1975 r. powołano Zespół Szkół, w skład którego weszły szkoły dla pracujących i liceum ogólnokształcące dla młodzieży. W roku 1991 oddano do użytku nowszy budynek szkoły od strony ul. Zabrowarnej. Dnia 23 października 2012 r. odbyła się uroczystość otwarcia kolejnego głównego gmachu liceum, znajdującego się przy ul. Cieszkowizna. Zabytkowy budynek poklasztorny został nabyty przez parafię Podwyższenia Krzyża Świętego w zamian za niezabudowaną działkę o tej samej powierzchni przy ul. Zabrowarnej. Tym samym po ponad 140 latach ponownie stał się własnością Kościoła katolickiego. W 2018 r. szkoła obchodziła stulecie istnienia, odbył się Zjazd Absolwentów Gimnazjum i Liceum im.