W XVII wieku zainteresowanie inkwizycji ponownie zwróciło się ku marranom, jednak tym razem byli to marrani pochodzący z Portugalii, którzy po powstaniu Unii Iberyjskiej (1580) coraz chętniej przyjeżdżali do Hiszpanii w ucieczce przed prześladowaniami ze strony portugalskiej inkwizycji, a także w nadziei na lepsze warunki do prowadzenia interesów. Jednak ich nadzieje na łagodniejsze traktowanie przez hiszpańską inkwizycję nie sprawdziły się. Szczególnie dużo portugalskich marranów zostało skazanych podczas dwóch ceremonii autos-da-fe w 1654 i 1656.
XVIII stulecie to czas stopniowego ograniczania aktywności trybunału w Cuence. W latach 20. miała miejsce ostatnia fala prześladowań domniemanych judaizantów żydowsko-portugalskiego pochodzenia. Jednak to właśnie w Cuence odbyła się ostatnia w dziejach hiszpańskiej inkwizycji egzekucja in effigie – w 1802 ukarano w ten sposób pośmiertnie Isabel Herráiz, oskarżaną o przynależność do sekty alumbrados, która zmarła w trakcie procesu.
Trybunał w Cuence został zniesiony w grudniu 1808 przez napoleońskiego króla Hiszpanii Józefa Bonaparte.