Izolacja siedliskowa polega natomiast na rozrodzie w innym siedlisku na tym samym obszarze. Izolacja tego typu występuje u pasożytów zasiedlających innych żywicieli. W przypadku owadów wystarczająca bariera utworzy się już wtedy, kiedy odrębne bliskie sobie gatunki zasiedlać będą inny gatunek roślin. Dzieje się tak w przypadku biedronek: Henosepilachna nipponica żyje na ostrożniu, natomiast Henosepilachna yasutomii żyje na Caulophyllum. Pomimo że biedronki te spotykane są na tym samych terenach w Japonii, zasiedlanie przez nie innych roślin uniemożliwia im krzyżowanie się ze sobą. Do specjacji dochodzić może w związku z wysokością nad poziomem morza. Proces taki wykryto na śródziemnomorskich wyspach. Heterogeniczność krajobrazu przekłada się na różnice w genotypach organizmów przedzielonych daną barierą. Zjawiska te bada landscape genetics. Pomimo innego rozumienia gatunku pojęcie izolacji ekologicznej stosuje się także do bakterii. Przykładowo badania genetyczne planktonicznego Polynucleobacter wskazały na możliwość, że chodzi nie o pojedynczy gatunek, ale o grupę gatunków kryptycznych rozdzielonych barierą ekologiczną