Główną rolę kierowniczą w eksterminacji ludności pomorskiej odegrał namiestnik Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie Albert Forster i jego administracja terenowa, której celem było całkowite zniemczenie Pomorza w ciągu 5 lat. W Wolnym Mieście Gdańsku jeszcze przed wybuchem wojny powołano jednostkę szturmowo-wartowniczą SS-Wachsturmbann „Eimann”, która brała udział w eksterminacji ludności polskiej i chorych psychicznie w poszczególnych powiatach. Szczególną rolę w aparacie terroru na Pomorzu Gdańskim odegrali też miejscowi Niemcy działający pod nadzorem SS, skupieni początkowo w lokalnych oddziałach niemieckiej straży obywatelskiej złożonych z Volksdeutschów, które de facto służyły do załatwiania osobistych porachunków z polskimi sąsiadami. W związku z tym „Zbrodnia pomorska 1939 roku” określana jest również często jako zbrodnia sąsiedzka. Organizacja Volksdeutscher Selbstschutz powołana została na terenie całej okupowanej Polski, jednak szczególną rolę odegrała na Pomorzu. Jej szefem został były adiutant Himmlera – Ludolf von Alvensleben „Bubi”. Do organizacji na Pomorzu wstąpiło ponad 38 tys.