Cheilocystydy i pleurocystydy podobne, mają kształt pałkowaty, wrzecionowaty lub jajowaty, a ich wierzchołki są często pokryte żywiczną wydzieliną. Strzępki tworzące skórkę kapelusza mają do 3,5 µm szerokości, sprzążki i pokryte są cylindrycznymi wypukłościami o wymiarach 2–9 na 1–3 µm. Strzępki skórki trzonu mają do 4,5 µm szerokości, sprzążki i są gęsto pokryte prostymi lub nieco rozgałęzionymi, cylindrycznymi lub nabrzmiałymi naroślami o wymiarach do 20 × 5 µm. Te ostatnie wykwity są osadzone w galaretowatej substancji. Gatunki podobne Najbardziej podobna jest grzybówka pomarańczowoblaszkowa (Mycena oregonensis), ale jej kapelusz jest bardziej żółty niż pomarańczowy, blaszki są szeroko przylegające lub zbiegające z krótkim ząbkiem, ostrze blaszek jest pomarańczowedo jasnożółtego, a trzon jest suchy, nie lepki. Strzępki skórki kapelusza są gładkie i nie osadzone w galaretowatej materii, a w kolekcjach europejskich podstawki są dwuzarodnikowe i nie mają sprzążek. Podobna jest Atheniella adonis, ale jest większa. Grzybówka szpilkowa może też być pomylona z drobnymi wodnichami (Hygrophorus).