31 października 2005 objęła stanowisko ministra finansów w rządzie Kazimierza MarcinkiewiczaPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 31 października 2005 r. o powołaniu w skład Rady Ministrów (). (który pod jej kierunkiem rozpoczął w latach 90. pisanie pracy doktorskiej dotyczącej finansowania oświaty poprzez bony oświatowe). Hanna Gronkiewicz-Waltz, komentując jej nominację ministerialną, określiła ją jako „zwolenniczkę polityki prorynkowej”. Teresa Lubińska opowiedziała się za ustanowieniem dwóch stawek podatkowych, a nie podatku liniowego. Deklarowała się również jako zwolenniczka reformy systemu ubezpieczeń społecznych wprowadzonej przez rząd Jerzego Buzka. Uchodziła za związaną z Opus Dei. Przed odwołaniem jej z urzędu (co nastąpiło 7 stycznia 2006Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 7 stycznia 2006 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów (). z jej inicjatywy do rady nadzorczej Banku Gospodarstwa Krajowego weszły osoby powiązane z tą organizacją. Po odejściu z funkcji ministra objęła stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, które zajmowała do listopada 2007.