bakteria ta znana jest również jako bakteria Klebsa-Löfflera), co umożliwiło dalsze opracowywanie lekarstw oraz szczepionki na tę chorobę. Zasygnalizował istnienie toksyny błoniczej w tym samym czasie co Pierre Paul Émile Roux i Alexandre Yersin. Wykazanie przez Loefflera, że niektóre zwierzęta są odporne na błonicę, stanowiło podwaliny przyszłych prac Emila Adolfa von Behringa nad rozwojem antytoksyn. Nazwisko Loefflera nosi pożywka specjalna używana do hodowli maczugowców błonicy, dwoinek rzeżączki oraz innych wymagających mikroorganizmów.
Przy okazji badania bakterii Salmonella Typhimurium zasugerował, że ten organizm może być wykorzystywany do bakteriologicznej kontroli chorób. Wiosną 1892 roku, gdy region Tesalii został opanowany przez zagrażające plonom myszy, Loeffler został poproszony przez grecki rząd o pomoc. Dzięki wykorzystaniu rozmieszczonych na polach kawałków chleba namoczonych w kulturach bakterii liczba myszy uległa znacznemu zmniejszeniu w ciągu miesiąca.