1958–1962 Garrincha przybrał na wadze po turnieju o Puchar Świata, częściowo przez swoją namiętność do jedzenia słodyczy, a częściowo przez swój rozwijający się alkoholizm. Z tego powodu został wyrzucony z drużyny przed meczem towarzyskim z Anglią w Rio de Janeiro 13 maja 1959 roku. Miesiąc później, kiedy wyjechał z Botafogo na tournée do Szwecji. Po powrocie do Brazylii pojechał do domu rodzinnego w Pau Grande, gdzie potrącił swojego ojca. W sierpniu jego żona Nair urodziła ich piąte dziecko, a jego kochanka Iraci spodziewała się potomka po raz pierwszy. Ojciec Garrinchy zmarł na raka wątroby 10 października jako osoba uzależniona od alkoholu przez wiele lat.
Mistrzostwa Świata 1962 Garrincha był jednym z wyróżniających się zawodników na Mistrzostwach Świata 1962. Kiedy Pelé doznał kontuzji po drugim meczu i do końca turnieju siedział na ławce rezerwowych, Garrincha odegrał decydującą rolę w triumfie Brazylii w finale i całym turnieju. W 1971 roku pojawiły się plotki, jakoby miał przenieść się do Red Star Paryż, jednak ostatecznie do transferu nie doszło.