Bartłomiej Möller, jako nowo mianowany superior, przybył do Świętej Lipki w listopadzie 1688 roku. Zastał tam wylane fundamenty i zbudowane podziemia do wysokości posadzki. W ciągu czterech lat intensywnych prac wzniesiono mury, kościół nakryto dachem i postawiono na nim wieżyczkę na sygnaturkę, ale wnętrze pozostawało bez ozdób, bez umeblowania, a nawet bez posadzki. Ojciec Möller zdecydował się jednak na konsekrację świątyni. 15 sierpnia 1693 kościół został konsekrowany przez biskupa warmińskiego Jana Stanisława Zbąskiego z wielką okazałością w obecności licznego duchowieństwa, tysięcy wiernych, a także innowierców z Prus. Od tego czasu zaczęli tu przybywać tu nie tylko liczni pobożni pielgrzymi, ale także wielu wiedzionych niosącą się sławą wznoszonej okazałej świątyni. Nie czekając na ukończenie budowli, o. Bartłomiej zajął się urządzaniem wnętrza kościoła. W 1696 ułożono kamienną posadzkę, co umożliwiło urządzanie wnętrza – wstawianie ław, konfesjonałów i ołtarzy.