W roku 1944 na teren Estonii wkroczyła armia radziecka. Estońskie Archiwum Folklorystyczne zostało przemianowane na Oddział Folkloru . Podejście do folkloru, dynamika praktyk kolekcjonerskich i archiwalnych dostosowane zostały do ideologii panującej w Związku Radzieckim.
Po odzyskaniu przez Estonię niepodległości w 1991 r. dokonano instytucjonalnej reorganizacji Archiwum. W 1995 r. Zbiory Wydziału Literatury i Folkloru Uniwersytetu w Tartu oraz Instytutu Języka i Literatury Estońskiej Akademii Nauk w Tallinnie zostały włączone do Estońskiego Archiwum Folklorystycznego. Dziś zarchiwizowane materiały służą przede wszystkim badaczom i studentom zajmującym się folklorystyką. Pracownicy archiwum oferują pomoc i konsultacje etnologom, antropologom kulturowym i przedstawicielom innych dyscyplin z Estonii i nie tylko.
Wyniki badań pracowników Archiwum publikowane są w formie artykułów i monografii, powstają także naukowe publikacje źródłowe. W 2000 r. przywrócono publikację serii Proceedings of the Estonian Folklore Archives (est. Eesti Rahvaluule Arhiivi Toimetused). Archiwum jest również odpowiedzialne za przygotowanie i publikację zbiorów pieśni (m.in.