W latach 1995–1996 był oficerem operacyjnym w Polskim Kontyngencie Wojskowym w Libanie.
Po powrocie z Libanu służył na wielu stanowiskach w 15 Brygadzie Zmechanizowanej w Giżycku, m.in. jako szef sztabu – zastępca dowódcy i zastępca dowódcy. W tym czasie generał dywizji Krzysztof Motacki był również zastępcą dowódcy, a następnie dowódcą Polskiego Kontyngentu Wojskowego w Bośni i Hercegowinie (1999–2000) oraz szefem G-7 w Wielonarodowej Dywizji Centrum – Południe w Iraku (2004–2005).
W 2006 roku generał dywizji Krzysztof Motacki został wyznaczony na stanowisko szefa sztabu w 1 Dywizji Zmechanizowanej w Legionowie. W 2007 roku ponownie znalazł się w Iraku jako szef sztabu Wielonarodowej Dywizji Centrum–Południe. Następnie służył na stanowisku szefa oddziału w Dowództwie Wojsk Lądowych w Warszawie.
W latach 2009–2012 dowodził 2 Brygadą Zmechanizowaną w Budowie. W tym czasie był też zastępcą dowódcy ds. koalicji regionu wschodniego w Islamskiej Republice Afganistanu (2010–2011). W latach 2012–2013 był szefem sztabu – zastępcą dowódcy 12 Dywizji Zmechanizowanej w Szczecinie. W latach 2013–2015 generał dywizji Krzysztof Motacki służył w Zarządzie Planowania Operacyjnego P3 w Sztabie Generalnym jako zastępca szefa zarządu, a następnie jako szef zarządu.