Znaczenie w NRD thumb|Potsdam Hauptbahnhof, 1963 thumb|Podjazd stacji, 2010 W dniu 2 października 1960 stacja została przemianowana na Potsdam Hauptbahnhof. Stary dworzec kolejowy w Poczdamie, który znajdował się bliżej centrum miasta, nosił nazwę Potsdam Stadt i do 1990 roku był używany tylko do lokalnego transportu pociągami z silnikiem Diesla po wybudowaniu muru berlińskiego. Obsługiwano tu cały ruch dalekobieżny w Poczdamie, a także pociągi międzystrefowe Akwizgran / Kolonia – Görlitz i Rostock – Monachium. Szybki ruch lokalny do Berlina (Wschód), który był obsługiwany początkowo przez ciemnozielone, później czerwono-beżowe pociągi piętrowe, stał się znany pod nieoficjalną nazwą Sputnik. Tory górne były często przeciążone, dlatego pociągi nierzadko czekały na torze otwartym. Lokalne pociągi kursowały z dolnego peronu do Babelsberg przez Poczdam i w kierunku Wildlife Park lub Beelitz – Jüterbog.
Nowa linia tramwaju poczdamskiego wraz z pętlą na przedpolu stacji została uruchomiona 11 stycznia 1958 roku.