Szczepy SARS-CoV-2 – szczepy wirusa SARS-CoV-2, wywołującego u człowieka chorobę COVID-19, powstałe w wyniku mutacji jego genomu, którym jest pojedyncza nić kwasu rybonukleinowego (RNA). Światowa Organizacja Zdrowia nadaje kolejnym szczepom tego wirusa nazwy liter alfabetu greckiego.
Niektóre szczepy oraz niesione przez nie miejscowe mutacje są obiektem szczególnej troski z uwagi na potencjalny wzrost wirulencji lub śmiertelności względem starszych szczepów wirusa oraz z powodu możliwego spadku skuteczności przeciwciał oraz szczepionek przeciw COVID-19. Na początku 2021 roku identyfikowano szereg mutacji podejrzewanych o wzrost zakaźności wirusa, w tym mutację zmiany sensu D614G (Asp614Gly) w obszarze białka szczytowego (glikoproteiny S, tzw. białka kolca) oraz warianty brytyjski (linia B.1.1.7), południowoafrykański (B.1.351) i pochodzący z Brazylii (P.1). Od czerwca 2021 WHO nazywa kluczowe szczepy – dla uproszczenia komunikacji i unikania stygmatyzacji krajów pochodzenia – literami greckiego alfabetu. Dotychczas nie przyjęto jednorodnego dla całego świata nazewnictwa szczepów.