W 1990 awansował do Promozione Lombardia (D7), a w 1991 do Eccellenza Lombardia. W 1993 klub połączył się z Centro Giovanile Virescit Boccaleone, przekształcając się w Alzano 1909 Virescit FC i startując w sezonie 1993/94 w Campionato Nazionale Dilettanti. W 1995 został promowany do Serie C2, a w 1996 do Serie C1. W 1999 klub zdobył awans do Serie B, ale po roku spadł z powrotem do Serie C1. W sezonie 2002/03 zajął 17.miejsce w grupie A Serie C1 i został zdegradowany do Serie C2, ale potem klub zrezygnował z dalszych występów i został rozwiązany z powodu trudności finansowych.
W 2004 roku klub został reaktywowany z nazwą FC Alzano 1909 i startował w Prima Categoria Lombardia (D8). W 2007 roku po fuzji z Ardens Cene klub zmienił nazwę na FC AlzanoCene 1909, uzyskując jego tytuł sportowy i miejsce w rozgrywkach Eccellenza Lombardia. W następnym 2008 roku zdobył promocję do Serie D, a w 2014 znów spadł do Eccellenza Lombardia. Przed rozpoczęciem sezonu 2014/15 wprowadzono reformę systemy lig, wskutek czego Eccellenza awansowała na piąty poziom. W sezonie 2014/15 zwyciężył w grupie B Eccellenza Lombardia i awansował do Serie D. W 2015 odbyła się fuzja z SSD Aurora Seriate Calcio z podmiejskiej miejscowości Seriate, po czym nazwa klubu została zmieniona na ASD Virtus Bergamo 1909.