Po śmierci Zacherta w 1885 w Berlinie pałac, jak i pokaźny majątek po nim odziedziczyła jego żona Józefina znana z dobroczynnej działalności na rzecz mieszkańców Supraśla, a po jej śmierci w 1923 roku pałac przypadł bratankowi jej męża Konstantemu Ernestowi Zachertowi.

We wrześniu 1939 roku na mocy paktu Ribbentrop-Mołotow do Supraśla wkroczyli sowieci a właściciele pałacu Konstanty Zachert wraz z żoną Heleną z Czarnowskich uciekli do Rosoch koło Rawy Mazowieckiej. Podczas trwania II wojny światowej pałac na przemian był grabiony i dewastowany to przez Rosjan to przez Niemców. Także w wyniku działań tych pierwszych pałac spłonął.

Po wojnie w 1955 roku do odbudowanych budynków klasztornych wprowadziła się Szkoła Mechanizacji Rolnictwa. Sama odbudowa pałacu trwała kolejne dziesięciolecia.

W 1973 roku refektarz i kaplicę pałacową przekazano Muzeum Okręgowemu w Białymstoku, obecnie Muzeum Podlaskie.

Pałac opatów po opuszczeniu go przez Zespół Szkół Mechanizacji Rolnictwa stał się własnością Klasztoru Męskiego Zwiastowania Najświętszej Marii Panny, restytuowanego w 1989 roku przez Sobór Biskupów Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego w Polsce, ale pieczę nad znajdującym się w nim punktem muzealnym nadal sprawuje Muzeum Podlaskie w Białymstoku.