Po zakończeniu sezonu 1999/2000, w którym zajął 18.miejsce w grupie B Serie C1 i został zdegradowany do Serie C2, klubowi nie udało się zarejestrować na mistrzostwa Serie C2, po czym ogłosił upadłość.
Latem 2000 powstał nowy klub o nazwie AS Marsala 2000, który przejął tytuł sportowy od Don Bosco Partinico i rozpoczął występy w regionalnych mistrzostwach Eccellenza Sicilia (D6). W 2002 awansował do Serie D, a w 2005 znów ogłosił upadłość i został rozwiązany.
We wrześniu 2006 roku klub został reaktywowany jako SC Marsala 1912 ASD i po wykupieniu tytułu sportowego od ASD Bosco 1970 startował w Seconda Categoria Sicilia (D9). W 2007 awansował do Prima Categoria Sicilia, a w 2008 do Promozione Sicilia. W 2008 do klubu dołączył US Kennedy Birgi 1967, a w 2009 otrzymał promocję do Eccellenza Sicilia. W 2010 nastąpił kolejny awans do Serie D, po czym połączył się z ASD Marsala 1970, wskutek czego nazwa klubu została zmieniona na SSD SC Marsala 1912. W 2012 zespół spadł do Eccellenza Sicilia. Przed rozpoczęciem sezonu 2014/15 wprowadzono reformę systemy lig, wskutek czego Eccellenza została podwyższona do piątego poziomu. W 2015 klub awansował na rok do Serie D. Ale w sezonie 2017/18 klub nie przystąpił do rozgrywek Promozione Sicilia i pozostał nieaktywny.