10 czerwca 1940 roku, w momencie ataku Włoch na Francję, okręt wchodził w skład 34. eskadry okrętów podwodnych 3. Flotylli w Mesynie (wraz z siostrzanymi „Goffredo Mameli”, „Pier Capponi” i „Tito Speri”). Dowództwo jednostki sprawował kmdr ppor. (wł. capitano di corvetta) Guido D’Alterio. Od 19 czerwca do 2 lipca „Giovanni da Procida”, „Pier Capponi” i „Vettor Pisani” patrolowały wody Cieśniny Sycylijskiej. Na przełomie sierpnia i września „Giovanni da Procida” i „” operował na wodach u wybrzeży Cypru i Palestyny. W listopadzie okręt patrolował u włoskich wybrzeży, nie nawiązując kontaktu z przeciwnikiem. Od 1 do 11 grudnia „Giovanni da Procida” i patrolowały wody na południowy zachód od Korfu. Między 21 grudnia 1940 roku a 1 stycznia 1941 roku „Giovanni da Procida”, „Jalea” i przebywały na defensywnych patrolach w Cieśninie Otranto.
Na początku kwietnia 1941 roku, w związku z wyjściem w morze brytyjskiego zespołu , „Giovanni da Procida”, „Marcantonio Colonna” i „” przeprowadziły patrole w Zatoce Genueńskiej.