Od chwili powstania Izb Lekarskich w 1989 r. prof. Andrzej Jakliński pełnił funkcję Prezesa Okręgowego Sądu Lekarskiego w Lublinie obejmującego swym zasięgiem sześć ówczesnych województw: lubelskie, chełmskie, zamojskie, bialskopodlaskie, radomskie i tarnobrzeskie.
Wykładał m.in. medycynę sądową, deontologię lekarską i etykę lekarską dla studentów medycyny i stomatologii Akademii Medycznej w Lublinie. Wykładał także medycynę sądową dla studentów Wydziału Prawa Kanonicznego i Świeckiego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, jak również Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie.
Otrzymał liczne nagrody naukowe (m.in. Ministra Zdrowia) oraz odznaczenia państwowe (w tym: Krzyż Kawalerski i Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski, Złoty Krzyż Zasługi). W 1995 otrzymał tytuł doktora honoris causa Akademii Medycznej w Lublinie.
Żonaty z Aleksandrą Jaklińską z domu Kimla.
Zmarł 29 marca 1995 po ciężkiej chorobie. Pochowany jest na cmentarzu komunalnym przy ulicy Lubelskiej w Radzyniu Podlaskim.