Jednak nawet na ptaki gatunków wymienionych w tym załączniku nie można polować w okresie ich wędrówki wiosennej, toków ani rozrodu.
Załącznik nr 4 zawiera opis nieakceptowanych form odłowu i zabijania ptaków.
Załącznik nr 5 określa propozycje badań naukowych i eksperymentów.
Metody ochrony zalecane w dyrektywie Dyrektywa zobowiązuje do ochrony ptaków przez: stworzenie obszarów specjalnej ochrony ptaków, stanowiących część sieci Natura 2000; utrzymanie i zagospodarowania siedlisk ptaków zgodnie z potrzebami ekologicznymi, zarówno w ramach specjalnych obszarów ochrony, jak i poza nimi; przywracanie zniszczonych biotopów ptaków; tworzenie biotopów dla ptaków; zakaz umyślnego zabijania lub chwytania jakichkolwiek ptaków jakimikolwiek metodami (z wyjątkiem w postaci polowań na gatunki ujęte w załączniku 2); zakaz umyślnego niszczenia lub uszkadzania gniazd i jaj ptaków lub usuwania ich gniazd; zakaz wybierania jaj ptaków dziko występujących oraz zatrzymania tych jaj, nawet gdy są puste; zakaz umyślnego płoszenia tych ptaków, szczególnie w okresie lęgowym i wychowu młodych, jeśli mogłoby to mieć znaczenie w odniesieniu do celów dyrektywy; zakaz przetrzymywania ptactwa należącego do gatunków, na które polowanie i których chwytanie jest zabronione.